ガラパゴス諸島は赤道直下にしては驚くほど涼しい。
フンボルト海流は遠く南極方面から来る寒流である。気温を下げる要因の１つとして、貿易風が赤道に向かって吹き込むことによって低い深層海水が表層に湧いてくることが挙げられる。
季節は基本的に雨季と乾季の２つで、12月〜５月が雨季、６月〜11月ぐらいが乾季。
雨季の平均気温が25℃、乾季で約22℃。普通赤道直下だと30℃ぐらいあっても不思議ではないので、いかに低いかがわかる。また、フンボルト寒流は気温16℃ぐらいである。