火山活動（ホットスポットの活動）で出来た島で、他の大陸とは隔絶され独自の進化を遂げた固有種が多く存在する。
天敵になるような大型の陸棲哺乳類が存在しない。
ガラパゴスに生息する動植物の希少性は高く、陸生動物は海鳥を除く７５％の鳥類が固有種である。
その他には哺乳類はアシカ類を除く９２％、爬虫類はウミガメを除いた９７％が固有種である。
この島々にはまだ研究の進んでいない無脊椎動物を除いても、５，５００種から６，０００種の動植物が存在すると言われている。