ガラパゴス諸島には、世界中でガラパゴス諸島でしか見ることができない固有種が数多く生息している。
このことは、何らかの方法で大陸から移住したそれぞれの生物の祖先が、隔離された島々で、独自に進化していったことを示している。
ゾウガメの甲らの形のように、同じような動物でも島によって種レベルや亜種レベルで異なっている例も数多く知られている。
これらは、それぞれの島で独自の進化が起こったことによるものであろう。
陸生の哺乳類としてネズミなどの小型のものしか生息していないことも特徴的である。
大陸から離れているため大型の陸生哺乳類が渡ってこれないこと、哺乳類にとって過酷な島の環境が彼らの生息を許さないなどの理由が考えられるが、このことは、ゾウガメやイグアナなどのは虫類が数多く生き残っていることと関係が深い。
しかし、現在では人間が持ち込んだヤギやイヌなどの陸生の哺乳類が増加して、イグアナやゾウガメなどのは虫類ばかりでなく、植物生態系にも破壊的な影響を与えていることは確かである。