1535年、スペイン人の司教フレイ・トマス・デ・ベルランガという人が、インカ帝国が征服された地へ伝道師として向かう航海の途中、偶然に発見した。
その後ガラパゴス諸島は、スペイン船の金などの積載物を狙う海賊の隠れ家として利用され、海賊の中には地図を作ったり、島を命名した者もいた。
大航海時代には捕鯨船による捕食やヤギの繁殖が起こり、1832年にエクアドルが領有を宣言すると、入植されていった。
やがて航空路や横断道路が建設されると欧米を中心に観光客が訪れるようになり、環境破壊も深刻になった。
今ではダーウィン研究所や国立公園管理事務所の設置、世界遺産への登録、観光客に対するナチュラリストガイド制度などの厳重な自然保護対策を講じている。
観光客は、足を洗ってからでないと上陸させないほどの保護体制を取っているが、未だ存在する入植されたヤギや、近年のエルニーニョ現象など問題もある。