エクアドル併合後、本格的な入植（あるいは流刑地として）が始まったが、厳しい自然条件もあり、漁業以外はあまり上手くはいかなかった。
この間、パナマ運河が開通し、第二次大戦のときにはバルトラ島にアメリカ軍基地が建設された（現在のバルトラ空港）。
遅すぎるに失した感もある動物保護の取り組みは1959年の国立公園指定から始まった。
その翌年からサンタクルス島にチャールズ・ダーウィン研究所が建設され64年から活動を始めた。
研究所はゾウガメの人工養殖に取り組み、まさに絶滅寸前だったエスパニョーラ島のゾウガメについて当面の危機を回避することに成功した。
現在では引き続きゾウガメの飼育に加え、同じく絶滅の危機にあるリクイグアナに対しても同様の試みがなされている。
68年には国立公園事務所も出来、この２つの機関は、現在に至るまで協力してガラパゴス国立公園の運営にあたっている。
1978年には進化研究に対する貢献が認められ、名誉世界自然遺産第１号に登録された。
2001年海洋部分も追加登録され現在に至っている。